Единственным, но очень важным недостатком этой технологии является потребление воды для двигателя гидроударника и возникающий отсюда вопрос, как и где найти такое количество воды.  В отличие от воздуха, который всюду вокруг нас и, пока что, бесплатен,  нахождение источника воды достаточной емкости представляет  собой самую большую проблему в массовом расширении этой технологии бурения. Фирмы, которые пользуются системой Wassara, воду для двигателей берут главным образом из следующих источников: местные водотоки и водоемы, местные водопроводы с питьевой водой или системы производственного водоснабжения (например при бурении на территории промышленных объектов).  Во всех этих случаях нужен договор с собственником или управляющим этих объектов о возможном расчете за отобраную воду. В случае, если вода отбирается из поверхностных - неочищенных - источников, необходима между этим источником и водяным насосом установка фильтра, который обеспечит в подведенной воде нужный уровень содержания твердых частиц.

При бурении системой Wassara следует также принимать во внимание тот факт, что в отличие от пневматического бурения, с самого начала работ необходимо решать проблему сточных вод. При бурении пневмоударником эта задача возникает только при прохождении водоносных пород. Относительным плюсом гидроударников является то, что количество воды, выходящей из скважины , не увеличивается, так как из скважины поступает только та вода, которая была использована для приведения молотка в действие. Естественная вода из водоносных слоев остается на своем месте ввиду наличия гидростатического давления столбца воды в скважине. Водосточное хозяйство выглядит также, как и при классическом бурении - превентор на устье скважины - шланг - контейнер для осадков - канализация или свободный отток на местность.
Фирма Wassara разработала конструкцию контейнера, способного механически очистить воду от бурового шлама так, что содержание твердых частиц в воде, выходящей из контейнера не превышает 0,025 г/л.